Overview

1細胞マルチオミクスのワークフロー

細胞をTotalSeq™抗体で染色後、10x Genomics社のFeature Barcodeワークフローで処理します。シーケンシングライブラリーを作製し、イルミナ社のプラットフォームでシーケンシングを行います。

得られたシーケンスデータ（*.bclまたはfastqファイル）をCell Rangerを用いて解析することで、Feature Barcodeマトリックスの形式でカウントデータを生成します。これらのマトリックスをMASにアップロードし、データ解析を行います。

MASを始めてみましょう

ソフトウェアを使ってみたいが1細胞シーケンスのデータが無い場合、こちらからテスト用のデータセットをダウンロードできます。また、下にスクロールしチュートリアル動画をご覧ください。

解析したいFeature Barcodeマトリックスファイルをお持ちの場合は、"Access the Software"タブからアカウント作成をお申し込みください。また、Features.tsv.gzファイルが次の条件を満たしていることをご確認ください。

• Cell hashing用抗体のデータを含む行では、列Aに"HTO_###"、列Cに"Cell Hashing"と記載されている必要があります。
• Cell hashing用ではない抗体のデータを含む行では、列Aに"ADT_###"、列Cに"Antibody Capture"と記載されている必要があります。

推奨のMASワークフロー

1. データをMASにアップロードします。
    
2. Demultiplexingの結果を確認します。MASはサンプルごとに自動的にデータをdemultiplexし、UMIの複雑性に基づいてセルをフィルタリングします。
    
3. RNA解析を行い、その後の解析に遺伝子を含めるための閾値を作成し、遺伝子発現データを正規化します。
    
4. ゲートを追加してデータを整理し、目的の細胞集団を定めます。
    
5. UMAPやtSNE、TriMapなどの次元削減プロットを作成します。
    
6. コミュニティ検出アルゴリズムを用いて細胞をクラスタリングし、細胞の不均一性を調べます。
    
7. これらのインタラクティブなプロットを用いることでデータを調べ、異なる細胞集団間の発現差異解析を行います。