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どのようなオリゴヌクレオチドが抗体に標識されているのか見てみましょう

 

それぞれのTotalSeq™抗体には、捕捉配列、クローン特異的な抗体バーコード配列、イルミナ社のシーケンシング試薬及び機器に互換性のあるPCRハンドルを含むオリゴヌクレオチドが標識されています。抗体バーコード配列はPCRハンドルと3'隣接配列の間に位置します。TotalSeq™抗体に標識されているオリゴヌクレオチド配列は、抗体由来タグ（Antibody-Derived Tag）またはADTと呼ばれます。Hashtag試薬に標識されているオリゴヌクレオチド配列は、HashtagオリゴヌクレオチドまたはHTOと呼ばれます。

 

1細胞レベルでのタンパク質とRNAの同時解析用に、TotalSeq™-A, -Bおよび-Cフォーマットを提供しています。また、互換性のある製品のパートナー企業と連携し、ゲノミクス製品やソリューションの新しいバージョンのサポートを継続します。

 

 

TotalSeq™フォーマットの違いを理解しましょう

 

TotalSeq™-A: mRNAの捕捉にpoly(dT)オリゴヌクレオチドを用いるシーケンシングプラットフォームであれば使用できるように設計されています。TotalSeq™-A抗体のオリゴヌクレオチド配列には、通常のmRNAを模倣するためのpoly(A)配列が含まれています。

 

TotalSeq™-B: 10x Genomics社のFeature Barcodingテクノロジーを使用したChromiumシングルセル遺伝子発現ソリューション（3' kit、v3またはv3.1）に互換性があります。

 

TotalSeq™-C: 10x Genomics社のChromiumシングルセル免疫プロファイリングソリューション（5' kit）と互換性があります。5' kitを使うことで、1細胞レベルの解像度でT細胞受容体およびB細胞受容体レパトアを解析できます。

TotalSeq™-Bおよび-Cに互換性のある10x Genomics社製品には、TotalSeq™抗体由来配列とmRNAの両方を処理および増幅するための試薬が含まれています。TotalSeq™-A製品を10x Genomics社のシングルセル遺伝子発現ソリューションキット（v2, v3, v3.1）と一緒に使用する場合、ライブラリー作製用に追加で必要な試薬があります。詳細はプロトコルに記載のリストをご確認ください。

 

TotalSeq™フォーマットの比較

	TotalSeq™-A	TotalSeq™-B	TotalSeq™-C
10x Genomics社製品との互換性	シングルセル遺伝子発現ソリューション（3' kit, v2およびv3）などのpoly(A)配列を捕捉に用いるシステムであれば使用可能	Feature Barcodingテクノロジーを使用したシングルセル遺伝子発現ソリューション（3' kit, v3およびv3.1）と10x Genomics社のデータ解析ソフトウェア1に互換性あり	Feature Barcodingテクノロジーを使用したシングルセル免疫プロファイリングソリューション（5' kit）と10x Genomics社のデータ解析ソフトウェア1に互換性あり
PCRハンドル	CCTTGGCACCCGAGAATTCCA	GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTNNNNNNNNNN2	CGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNNNNN
捕捉配列	Poly-A [(A)30*A*A3]	NNNNNNNNNGCTTTAAGGCCGGTCCTAGC*A*A4	NNNNNNNNNCCCATATAAGA*A*A4
次世代シーケンサーの互換性	イルミナ社の装置に互換性あり	イルミナ社の装置に互換性あり	イルミナ社の装置に互換性あり

 

注意事項

1. 10x Genomics社のデータ解析ソフトウェアはCell Hashing解析には対応していません。
2. Nはランダムに選択されたA、C、GまたはTを表します。
3. アスタリスク（*）は、ヌクレアーゼによる分解を防ぐために付加されたホスホロチオエート結合を示します。
4. これらの配列はTotalSeq™-Bおよび-Cに特有のものであり、ニューヨークゲノムセンター（NYGC, CITE-seq.com）の研究グループが使用した試薬とは別に開発されました。TotalSeq™-B、-CおよびNYGCで使用された抗体はすべて10x Genomics社製品と互換性がありますが、異なるオリゴヌクレオチド配列を使用しています。そのため、プロトコルやプライマーなどの必要な試薬は抗体のフォーマットにより異なります。TotalSeq™製品を使用する場合は、当社のプロトコルを参照してください。