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Multiplex Samples and Hashtags

Hashtag抗体を用いたサンプルのマルチプレックス法

 

Cell Hashing（サンプルが細胞の場合）

複数のサンプルを混合してから細胞区分用プラットフォームへ移すために、Hashtag試薬を試してみませんか。Hashtag試薬は普遍的に発現する2種類の細胞表面タンパク質の抗体を混合しており、それぞれのHashtag試薬には固有の抗体バーコード配列が付加されています。ヒトサンプル用のHashtag試薬はCD298とβ2-Microglobulinを認識します。マウスサンプル用のHashtag試薬はCD45とH-2 MHC Class Iを認識します。

 

Cell Hashingを使用する利点

  • マルチプレットを同定できます .
  • 変動を最小限に抑え、バッチ効果を軽減させます
  • 細胞数の少ないサンプルをプールすることで、必要な細胞数を満たすことができます

 

Cell Hashingの詳細と、これを用いてサンプルのマルチプレックスを行う方法については、Stoeckius M, et al.の論文をご覧ください。

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Tech Insights: Cell Hashing with TotalSeq™ Reagents

 

シングルセル実験においてサンプルのマルチプレックス法を行うことで、サンプルスループットを改善し、コスト削減を実現できます。この動画では、Nathan Lucas, PhDがTotalSeq™ Hashtag試薬の利点と技術的考察について解説します。

Nuclei Hashing（サンプルが核の場合）

無傷の全細胞を用いる1細胞解析の他に、単一核解析を利用することで、細胞懸濁液を調製することが難しい組織でも転写産物の解析などを行うことが可能です。例えば、ニューロンや脂肪細胞、筋細胞など、特定の細胞が豊富な組織の場合が該当します。単一核解析は、冷凍保存など組織の保存が必要なサンプルの解析にも有用です。これは、冷凍保存した組織から細胞懸濁液を調製することが難しいためです。

 

このような単一核解析において、様々なサンプルから分離した核を混合しプールするために開発されたのがNuclear Hashing試薬です。核用のHashtag抗体は、核膜孔複合体タンパク質を認識します。この抗体は、ヒトやマウス、アフリカツメガエルなどの脊椎動物から、無脊椎動物や酵母など、様々な生物の核膜孔複合体タンパク質に交差反応を示します。

 

単一核を用いるNucleus Hashing解析の詳細については、GaublommeらのNature Communicationsの論文をご覧ください。

 

Hashtag試薬のフォーマットの違いを理解しましょう

 

Hashtag試薬にはTotalSeq™-A, -B, -Cのフォーマットがあります。全フォーマットのHashtag試薬が同じように機能しますが、ワークフローと必要なプライマーが異なります。

 

TotalSeq™-Aの場合、目的の抗体とHashtag試薬のPCRハンドルは異なります。つまり、2種類の異なるライブラリーを別々に作製することになります。１つは細胞表面マーカー抗体のライブラリー（ADT）、もう１つはHashtag由来のライブラリー（HTO）です。ライブラリーを分けて作製することで、シーケンス前に2種類のライブラリーを異なる比率で混合することができます。これは、Hashtag由来のリードが過剰になることを防ぐことができるという点で有益です。

 

TotalSeq™-Bおよび-Cの場合、目的の抗体とHashtag試薬のPCRハンドルは同一です。すなわち、Hashtag由来ライブラリーと抗体由来ライブラリーの作製は分けることができず、同時に調製されます。Hashtag由来のリードが過剰になることを防ぐために、Hashtag試薬は事前に使用濃度の検討を行うことを推奨します。TotalSeq™製品のタイトレーションの詳細についてはFAQをご覧ください。

 

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